3代目（1999～2006年） よりグラマラスなスタイルに一新

3代目パジェロは「野生の山猫が獲物を狙う瞬間に見せる緊張感と躍動美」（広報資料より）をデザインテーマに、グラマラスなスタイルに一新。ジープ由来のフロントミッドシップは継承しつつ、ホイールベースは2代目に対してショートボディで＋125mm、ロングボディで＋55mm、トレッドも両ボディともフロント＋95mm、リア＋80mmに、全幅は全車とも1875mmに拡大した。さらに「新ビルトインフレームのモノコック構造」の採用で軽量化も図った。

エンジンは新開発の4気筒DOHC 4バルブの3.2Lインタークーラーターボ直噴ディーゼルと、V6の3.5L GDIの2機種を設定。4WDシステムのSS4II（スーパーセレクト4WD II）は可変式前後駆動力配分を採用した。ATはスポーツモード付きINVECS-IIとしていた。

4代目（2006～2019年） シンプル志向のデザインへと回帰

さらに2006年10月に発表された4代目パジェロは、3代目に対し全幅を20mm狭めつつ、全長は伸ばす（ロング、ショートとも＋130mm）などしたうえ、抑揚をおさえて2代目に回帰した印象のスタイルに。搭載エンジンは3.8LのV6 MIVECエンジン（6G75型）と3LのV6 ECI-MULTI（6G72型）の2機種を設定。進化させたASTC（アクティブスタビリティ&トラクションコントロール）、より質感を高めたインテリアなどを採用。オールラウンドSUVとしての機能性をより高めたモデルとしての実力を発揮した。