全長・全幅は変わらずホイールベースと全高のみ拡大
3台目レガシィの実車は初代、2代目と全長・全幅とも変わらず5ナンバーサイズのボディを堅持。ホイールベースは2代目＋20mmの2650mmとした。
そのうえで初代以来のセミハイルーフを採用、ハットルーム（+16mm）、エルボースペース（＋23mm）など居住空間を拡大したほか、リアサスペンションに新たにマルチリンク式を採用することでカーゴルームもより実用的なスペースを確保した。
外観はドアガラスをサッシュレスとし、リアまでぐるりと回したウインドウグラフィックを採用するなど、レガシィらしさが引き継がれた。
水平対向エンジンは「フェーズ2」と呼ばれたものを搭載。当初は2L・DOHC 16バルブ2ステージターボ（2機種）をはじめ、2.5L・DOHC 4カム16バルブ可変バルブタイミング、2L・DOHC 16バルブ4カム可変バルブタイミング＆可変吸気システム、2L・16バルブ・リーンバーンの計4機種を設定。4WDシステムには不等＆可変トルク配分電子制御4WDのVTD-4WDをGTに設定したほか、グレードによりアクティブトルクスプリット方式、ビスカスLSD付きセンターデフ方式などが使い分けられていた。このうちの2.5Lはランカスターのほか、B4 RS25にも。
ポルシェデザインと共同開発で誕生した特別仕様車もあった
一方で1998年12月に登場したセダンは、この世代からBOXERエンジンと4WDを掛け合わせた「レガシィB4」の車名で登場。上級モデルに設定されたRSKの5速MT車には、ツーリングワゴンGT-Bと同じ280ps／35.0kgmの2L・DOHC 16バルブ2ステージターボを搭載した。
そのほか、この3代目レガシィでは、バリエーションの拡充も図られた。3L水平対向6気筒エンジン搭載車でいうと「ランカスター6」（2000年5月）、「ツーリングワゴンGT30／B4 RS30」（2002年1月）などがある。またポルシェデザインと共同開発で誕生した特別仕様車の「ブリッツェン（Blitzen）」があり、1999年12月、B4 RSKベースに発売されたのを皮切りに、ツーリングワゴンでも展開。3Lモデルの「Blitzen 6」など、最終年の2003年まで、年次ごとに発売された。STIの手になるコンプリートカーの「S401 STi Version」などもあった。
また年次改良モデルごとの進化も見逃せない。その内容は多岐に及んだが、たとえばアルミ製ボンネットの採用（2000年のB4 RSKなど）などはその一例。それと2001年5月のマイナーチェンジでは、2代目から引き継いだフロントグリルの専用のエンブレムが、初代レガシィ以来の「六連星」に戻されたのが見逃せない。スバルの自車への思いが深まって感じられた瞬間だった。
